综合业务大楼建成后，医院顺应医疗体制改革潮流，迎合国家卫生部发展大综合、小专科的总体设想，针对本地区医疗机构多但专科服务缺乏这一社会现象，首先注重重点专科―眼科、耳鼻喉科、儿童眼科、眼视光科室、爱尔眼科中心的建设，设置了眼、耳、鼻、喉专病门诊及病区、儿童眼科门诊及病区、眼视光诊断矫正中心，承担着多项社会医疗保健任务。目前我院是“视觉第一、中国行动”新疆眼科医师培训基地、乌鲁木齐市白内障复明手术定点医院、国家卫生部指定眼视光培训基地、乌鲁木齐市眼、听力、语言等残疾鉴定定点医院、乌鲁木齐市中级人民法院法医鉴定定点医院。
医院在引进专科人才及购置专科医疗设备方面给予了较大的倾斜和投入，面向社会公开招贤纳才，专门开设了眼科、儿童眼科、耳鼻喉科、中医科专家门诊，聘请了本地区各大医院享有盛誉的眼科、耳鼻喉科专家长期在门诊坐诊，为广大患者提供了高、精、尖的专科医疗服务。同时，在突出专科特色的基础上又提供了医疗全科服务，医院开设了美容整形中心、内科、儿科、妇科、中医科等诊疗科室、以及中西药房、检验科、放射科、特检科等各种辅助科室和检查项目，极大的满足了众多患者的就医需求。医院定期把专业技术人员送往具有国内先进技术的知名医院进修学习。在原有美容科的基础上，进一步发展为皮肤及美容整形中心，目前医院引进了国内先进的光量子嫩肤仪，采用非创伤的物理疗法，利用光热解原理消除皮肤暗黄、收缩毛孔、增加皮肤弹性、对抗皮肤老化，综合提高皮肤质量。此项美容医疗项目的开展，为广大爱美人士提供了新的高科技美容技术，有效改善了面部诸多问题。
在专科发展中，为促进眼病防治工作，眼视光中心开设了眼视光诊疗室；儿童眼科开展了小儿弱斜视治疗项目。为解决外地患者就医困难现象，医院专门设置了小儿弱斜视住院病房，派专人负责患儿的饮食起居及治疗，此项项目的开展，为广大小儿弱斜视患者带来了福音，经过认真、负责、系统的治疗，患儿的视力有了明显的提高和改善，深受患儿家长的一致赞扬。