新疆维吾尔自治区肿瘤防治研究所、自治区肿瘤防治办公室、自治区抗癌协会、自治区放射治疗质量控制中心、自治区乳腺筛查与临床诊疗专业质量控制中心、自治区子宫颈癌筛查与临床诊疗专业质量控制中心等机构均设在我院。

经过近20余年的建设和发展，医院现占地9.5万平方米，建筑面积达19.07万平方米，固定资产5亿余元。设置30个临床科室，16个医技检查科室，28个职能科室。医院现开放床位2000张，年门诊量近17万余人次，年收治病人33000余人次，年手术15000余例。医院现有职工1720人，专业技术人员1400余人，其中高级专业技术人员150余人，中级181人，享受国务院特殊津贴专家3人，卫生部有突出贡献中青年专家1人，自治区优秀专家2人。医院为新疆医科大学肿瘤专科硕士研究生学位授权点，目前有博士研究生导师23人，硕士研究生导师57人。每年承担新疆医科大学本科教学任务及研究生的培养工作。在院研究生200余人，目前正在积极申报肿瘤学博士点和国家药物临床试验基地。

医院在全面提高医疗技术水平的同时，重点强化学科建设，坚持“大专科、小综合”的学科发展思路，打造优势学科、品牌学科，着力培育具有我院特色的学科体系，逐步形成了“外科是龙头、放疗是特色、内科是基础、病理是保障、辅助检查是支撑”的学科发展局面。

医院设有临床科室、医技检查科室(见学科及专业设置一览表)。我院综合医疗科可开展各种常见病、心血管病、中老年病、内分泌、神经系统等疾病的诊治，另外还可开展各种急危重症的抢救与诊治。

2001年4月我院与香港著名爱国人士李嘉诚先生达成协议，由李嘉诚先生出资捐助建立新疆医科大学附属肿瘤医院宁养院，在全国宁养基金每年投入130万元的基础上，医院每年配套资金40万元，十年来为全疆5000余位各族贫困晚期癌症患者免费提供上门诊疗、心里咨询等服务，医院还组成了由青年医护人员为主体、社会志愿者积极参与的宁养义工队伍和抗癌之家。