医院始建于1968年，是当时伊春地区结核病防治院;1974年10月，经省林业总局批准成立省林业结核病医院和省林业结核病防治所，是当时林业系统唯一的一所院所合一的传染病医院。1986年经省林业总局(黑森总劳字[1986]628号文件)批准成立黑龙江省林业肿瘤结核病医院。1994年6月经省林业总局(黑森编字[1994]184号文件)批准更为黑龙江省林业第二医院、黑龙江省林业肿瘤结核医院、黑龙江林业 结核病防治所。