刘吉善长期从事中医、中药和中医药文化深层次领域研究，先后主持开展了多项“中医临床型、临床科研型、中西医结合型、学术交流型和推广应用型”科研课题，特别在应用中医中药治疗精神病方面，见解独到，研究深广，为国家“十五”确立的首批重点专科——中西医结合治疗精神病首席专家。